La Chiesa Cristiana Protestante in Milano viene guidata dal Consiglio Presbiterale, i cui componenti vengono eletti, come anche i pastori, dall’Assemblea di Chiesa.
La nostra Chiesa fa parte della Chiesa Evangelica Luterana in Italia (CELI) e della Federazione delle Chiese Evangeliche in Svizzera. La CELI ha solo qualche migliaio di membri ed è, in Italia, una minoranza. Lo si vede dalle sue 12 comunità sparse su tutto il territorio italiano. «Essa è una minoranza evangelica in un paese in cui più del 94% della popolazione appartiene alla Chiesa Cattolica romana». I rapporti tra lo Stato italiano e la CELI sono regolati, dal 1995, dalla legge n° 520 (Intesa). La CELI è una Chiesa aperta dal punto di vista ecumenico che, assieme a Valdesi, Metodisti, Battisti ed Esercito della Salvezza è membro fondatore della Federazione delle Chiese Evangeliche in Italia. Essa cura contatti internazionali ed è membro della Federazione Luterana Mondiale, della Conferenza delle Chiese Europee, e della Comunione delle Chiese Evangeliche in Europa (Comunione di Leuenberg). Inoltre, ha stretti contatti con la Chiesa Evangelica di Germania e con la Chiesa Evangelica Luterana Unita in Germania. Con la Chiesa Evangelica di Confessione Augustana in Slovenia ha stretto un gemellaggio. Viene accompagnata e sostenuta finanziariamente dal Gustav-Adolf-Werk e dal Martin-Luther-Bund in Germania.
Essa è impegnata nel dialogo ebraico-cristiano ed è membro della Commissione Luterana Europea per Chiesa ed Ebraismo che conduce il dialogo già da tempo in maniera intensa.
Si diventa membri della CELI quando, come cristiani battezzati, si viene accolti da una delle sue comunità. Questo accade tramite adesione scritta, nella quale ci s’impegna anche a contribuire finanziariamente ai bisogni della comunità.