E' composto da tre membri: Presidente, Vicepresidente, Segretario-Tesoriere e mensilmente convoca l'assemblea delle delegazioni
Il Consiglio delle Chiese si riunisce in Assemblea mensilmente ed è coordinato dal Comitato di Presidenza. Questo è composto di tre membri: Presidente, Vice-presidente e Segretario. Per statuto devono sempre essere rappresentanti delle tre tradizioni ecclesiali (ortodossa, cattolica, evangelica) e a turno spetta a ciascuna di esse di ricoprire le cariche. Le elezioni sono annuali e non si possono mantenere le cariche oltre un biennio.
Anno 2017/2018 – dal 13 giugno 2017 al 12 giugno 2018
Presidente Sara Comparetti – Chiesa Evangelica Battista
Vicepresidente padre Ambrogio Makar – Chiesa Ortodossa Russa
Segretario Francesco Castelli – Chiesa Cattolica Ambrosiana
Anno 2016/2017 – dal 14 giugno 2016 al 13 giugno 2017
Presidente pastore Giuseppe Platone – Chiesa Evangelica Valdese
Vicepresidente padre Ambrogio Makar – Chiesa Ortodossa Russa
Segretario Francesco Castelli – Chiesa Cattolica Ambrosiana
Anno 2015/2016 – dal 9 giugno 2015 al 14 giugno 2016
Presidente Piergiorgio Acquaviva – Chiesa Cattolica
Vicepresidente pastora Dorothee Mack – Chiesa Evangelica Valdese
Segretario DragoslavTrifunovic – Chiesa Ortodossa Serba
Anno 2014/215 – 10 giugno 2014 a giugno 2015
Presidente Piergiorgio Acquaviva – Chiesa cattolica ambrosiana
Vicepresidente pastora Dorothee Mack – Chiesa evangelica valdese
Segretario padre Pompiliu Nacu – Chiesa ortodossa romena
Anno 2013/2014 – da giugno 2013 a giugno 2014
Presidente Archimandrita Theofilaktos Vitsos – Chiesa Ortodossa Greca
Vicepresidente Giorgio Del Zanna – Chiesa cattolica Ambrosiana
Segretario pastore Giuseppe Platone – Chiesa Evangelica Valdese
Anno 2012/2013 – dal 12.6.2012 a giugno 2013
Presidente Archimandrita Theofilaktos Vitsos – Chiesa Ortodossa Greca
Vicepresidente Giorgio Del Zanna – Chiesa Cattolica Ambrosiana
Segretario pastore Giuseppe Platone – Chiesa Evangelica Valdese
Anno 2011/2012 – dal 13 settembre 2011 al 12 giugno 2012
Presidente pastore Martin Ibarra – Chiesa Evangelica Battista
Vicepresidente padre Ambrogio Makar – Chiesa Ortodossa Russa
Segretaria Rosangela Vegetti – Chiesa Cattolica Ambrosiana
Anno 20010/2011 – dall’8 giugno al
Presidente pastora Eliana Briante – Chiesa Evangelica Metodista
Vicepresidente padre Nikolaj Makar – Chiesa Ortodossa Russa
Segretario Rosangela Vegetti – Chiesa Cattolica Ambrosiana
Anno 2009/2010 – dal 16 giugno 2009 all’8 giugno 2010
Presidente Prof. Francesca Kaucisvili – Chiesa Cattolica
Vicepresidente Capitano Emmanuel Gau – Salutista, Esercito della Salvezza
Segretario Padre Aren Shaneenian – Chiesa Apostolica Armena
Anno 2008/2009 – dal 10 giugno 2008 a giugno 2009
Presidente Prof.ssa Francesca Kaucisvili – Chiesa Cattolica
Vicepresidente Capitano Emmanuel Gau – Salutista, Esercito della Salvezza
Segretario Padre Aren Shaneenian – Chiesa Apostolica Armena
Anno 2007/2008 – dal 12 giugno al 10 giugno 2008
Presidente Padre Train Valdman – Chiesa Ortodossa Romena
Vicepresidente Mariuccia Pietrogrande – Chiesa Cattolica
Segretario Pastore Ulrich Eckert – Chiesa Cristiana Protestante
Anno 2006/2007 – dal 6 giugno 2006 al 12 giugno 2007
Presidente Padre Train Valdman – Chiesa Ortodossa Romena
Vicepresidente Mariuccia Pietrogrande – Chiesa Cattolica
Segretario Pastore Ulrich Eckert – Chiesa Cristiana Protestante
Anno 2005/2006 – dal 14 giugno al 6 giugno 2006
Presidente Gioachino Pistone – Chiesa Valdese
Vicepresidente Padre Dimitri Fantini– Chiesa Ortodossa Russa
Segretaria Federica Frattini – Chiesa Cattolica
Anno 2004/2005 – dal 10 giugno 2004 al 14 giugno 2005
Presidente Gioachino Pistone – Chiesa Valdese
Vicepresidente Padre Dimitri Fantini – Chiesa Ortodossa Russa
Segretaria Federica Frattini – Cattolica
Anno 2003/2004 – dal 10 giugno 2003 al 10 giugno 2004
PresidenteDon Gianfranco Bottoni – Chiesa Cattolica
Vicepresidente Pastore Martin Ibarra – Chiesa Metodista
Segretario Sig.ra Dragana Dimitrijevic– Chiesa Serbo Ortodossa
Anno 2002/2003 – dal 10 giugno 2002 al 10 giugno 2003
Presidente Don Gianfranco Bottoni – Chiesa Cattolica
Vicepresidente Pastore Antonio Adamo – Chiesa Valdese
Segretario Sig.ra Dragana Dimitrijevic – Chiesa Serbo Ortodossa
Anno 2001/2002 – dal 24 giugno 2001 al 10 giugno 2002
Presidente Padre Traian Valdman – Chiesa Ortodossa Romena
Vicepresidente Prof.ssa Francesca Kaucisvili – Chiesa Cattolica
Segretario Pastore Giovanni Anziani – Chiesa Metodista
Anno 200/2001 – dal 27 giugno 2000 al 24 giugno 2001
Presidente Padre Traian Valdman – Chiesa Ortodossa Romena
Vicepresidente Pastore Norbert Deneke – Chiesa Luterana
Segretario Prof.ssa Francesca Kaucisvili – Chiesa Cattolica
Anno 1999/2000 – dal 11 ottobre 1999 al 26 giugno 2000
Presidente Pastore Paolo Spanu – Chiesa Battista, via Pinamonte da Vimercate
Vicepresidente Pastore Norbert Deneke – Chiesa Luterana
Segretaria Sig.ra Mariuccia Pietrogrande – Chiesa Cattolica
Anno 1998/99 – dal 24 marzo 1998 al 10 ottobre 1999
Presidente Pastore Paolo Spanu – Chiesa Battista, via Pinamonte da Vimercate
Vice Presidente Padre Traian Valdman – Chiesa Ortodossa Romena
Segretaria Sig.ra Mariuccia Pietrogrande – Chiesa Cattolica